出纳和会计分离是最基本的要求，出纳不得兼管收入、支出、费用债权债务登记工作，所以，出纳和会计一定要分离的。借款超过了工程款，可以和对方协商，实际支付对方只有20万，这个只能协商解决。记账先计入往来，决算后再进行最终结算。